Ο χώρος που σήμερα καταλαμβάνει η περιοχή ήταν γνωστη από αρχαιοτάτων χρόνων και φαίνεται πως έπαιξε σημαντικό ρόλο κατά τον Δεκελεικό πόλεμο. Όσον αφορά στη νεότερη ιστορία , ο ρόλος του ήταν σημαντικός κατά τη διάρκεια της γερμανικής Κατοχής, αφού λειτούργησε ως η κεντρική δίοδος διαφυγής των αντιστασιακών αγωνιστών. Η αρχική ονομασία του Ζεφυρίου ήταν Ζωφριά, όνομα το οποίο πήρε πιθανότατα από μια μεγάλη στέρνα, η οποία είχε δημιουργηθεί κοντά στις σιδηροδρομικές γραμμές από τους λίγους κατοίκους της περιοχής, λόγω της μεγάλης έλλειψης νερού, για να ποτίζουν τα ζώα («ζώων φρέαρ»).Ο πληθυσμός της Ζωφριάς άρχισε να αυξάνεται στις αρχές της δεκαετίας του 1960 και αυτό οδήγησε στον διαχωρισμό της Ζωφριάς σε Άνω και Κάτω. Η Κάτω Ζωφριά έγινε κοινότητα το 1967 και μετονομάστηκε σε Κοινότητα Ζεφυρίου κατά τη Μεταπολίτευση, από το όνομα της ποδοσφαιρικής ομάδας που είχε δημιουργηθεί και είχε το όνομα ενός ανέμου, του ζέφυρου. Μέχρι το 1967 οι κάτοικοι ήταν ελάχιστοι και ζούσαν χωρίς ρεύμα, χωρίς νερό και με ένα μοναδικό τηλέφωνο, που εξυπηρετούσε τις ανάγκες όλων. Το 1971 είχε πληθυσμό 2.572 κατοίκων, ο οποίος δέκα χρόνια αργότερα αυξήθηκε στους 5.260. Αυτή η αύξηση του πληθυσμού, σε συνδυασμό με την ιδιαίτερη αρχαιολογική και ιστορική σημασία που έχει ο χώρος, οδήγησε στην αναγνώριση της κοινότητας σε δήμο από τις αρχές του 1991.

Σύμφωνα με τα τελευταία στατιστικά στοιχεία που προκύπτουν από την απογραφή του 2001, ο πληθυσμός του Ζεφυρίου ανέρχεται σε 9.985 κατοίκους.Χαρακτηριστικό γνώρισμα του πληθυσμού είναι οι μειονότητες. Οι Αθίγγανοι, που είναι και η μεγαλύτερη μειονότητα του Ζεφυρίου, αποτελούν περίπου το 20% του συνολικού πληθυσμού. Επίσης, υπάρχει ένας μικρός αριθμός παλιννοστούντων Ποντίων και παρατηρείται μια τάση υποδοχής Αλβανών, Πακιστανών και Ινδών. Οι άντρες στην πλειοψηφία τους απασχολούνται ως τεχνίτες και εργάτες, ενώ οι γυναίκες εργάζονται σε βιοτεχνίες ενδυμάτων και δερμάτινων ειδών. Ο πληθυσμός του Ζεφυρίου αποτελείται στο μεγαλύτερο ποσοστό του από οικονομικά ασθενέστερα στρώματα, ενώ η ανεργία –που, σύμφωνα με στατιστικά στοιχεία, ξεπερνά το 9% του οικονομικά ενεργού πληθυσμού– αποτελεί ένα από τα μεγαλύτερα προβλήματα του δήμου. Η περιοχή που σήμερα καταλαμβάνει το Ζεφύρι ήταν εντελώς υποβαθμισμένη. Επρόκειτο για έναν λασπότοπο, όπου συχνά οι κάτοικοι δεν μπορούσαν να βγουν από τα σπίτια τους. Ο πρώτος πρόεδρος του Ζεφυρίου, κ. Φακηνός, ανέλαβε την αποπεράτωση σημαντικών έργων. Ιδιαίτερη αναφορά θα πρέπει να γίνει και στον «αρχιτέκτονα» του Ζεφυρίου, κ. Λιάρο, ο οποίος συνέβαλε στην ανάπτυξη της πόλης, σχεδιάζοντας τα περισσότερα έργα στο Ζεφύρι (γήπεδα, πλατείες, παιδικές χαρές). Το πρώτο σχολείο που κτίστηκε στο Ζεφύρι ήταν ιδιωτικό και για τον λόγο αυτόν τα περισσότερα παιδιά αναγκάζονταν να πηγαίνουν σε μακρινά σχολεία. Το 1965 το σχολείο έγινε δημόσιο, ενώ το 1987 κτίστηκε το γυμνάσιο, που μέχρι το 1994 συστεγαζόταν με το λύκειο Ζεφυρίου. Στην είσοδο της πόλης –στη θέση παλαιού εργοστασίου, στο κτήμα Κωνσταντινίδη– έχει δημιουργηθεί το Δημοτικό Πάρκο Ζεφυρίου «Κ. Λιάρος», το οποίο αποτελεί βασικό κέντρο αναψυχής της περιοχής. Από το 2003, στον χώρο του δημοτικού πάρκου λειτουργεί το Μουσείο Αρχαίας Ελληνικής Τεχνολογίας, όπου παρουσιάζεται μια πολύ ενδιαφέρουσα έκθεση 70 ομοιωμάτων τεχνολογικών κατασκευών των Ελλήνων, από την αρχαιότητα μέχρι τα βυζαντινά χρόνια. Χαρακτηριστικό σημείο της πόλης είναι ο χώρος του Πνευματικού Κέντρου του δήμου. Από το 1974, που έγιναν οι πρώτες πολιτιστικές εκδηλώσεις, τον Σεπτέμβριο κάθε έτους πραγματοποιούνται στην πόλη τα λεγόμενα «Ζεφύρια», με έκθεση βιβλίου, χορευτικούς συλλόγους και συναυλίες.